杭州师范大学学术期刊社于2009年在原杭州师范大学学报编辑部的基础上组建而成，负责对校办学术期刊的管理、组织等工作，出版《杭州师范大学学报（社会科学版）》《杭州师范大学学报（自然科学版）》《健康研究》三刊。2021年，学校原图书馆与原学术期刊社合并，成立杭州师范大学图书馆（学术期刊社），负责对校办学术期刊的管理、组织等工作，出版《杭州师范大学学报（社会科学版）》《杭州师范大学学报（自然科学版）》《健康研究》及英文刊Brain Science and Child Development（简称BSCD）。其中《杭州师范大学学报（社会科学版）》是人文社科类综合性学术期刊，双月刊，先后入选CSSCI来源期刊、全国中文核心期刊、中国人文社会科学综合评价AMI核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊，被评为全国高校精品社科期刊、华东地区优秀期刊、浙江省一级期刊、浙江省期刊方阵工程优秀期刊；《杭州师范大学学报（自然科学版）》是自然科学类综合性学术期刊，双月刊，入选中国科技核心期刊、RCCSE中国核心学术期刊，被美国《化学文摘》（CA）、波兰《哥白尼索引》（IC）、德国《数学文摘》、《中国数学文摘》等国内外检索系统收录；《健康研究》为医学类综合性学术期刊，双月刊，入选中国应用型核心期刊（CACJ）、中国“科技期刊双语传播工程”来源期刊 ，被美国《化学文摘》（CA）、美国《乌利希期刊指南》（UPD）、日本科学技术振兴机构数据库（JST）、中国生物医学文献数据库等国内外数据库收录；Brain Science and Child Development是一本面向国际的开放获取期刊，发表与儿童发展相关的脑科学、心理学、教育学、医学、生物学、社会学及经济学等多个学科领域的研究成果。

期刊社现任社长朱晓江编审，副社长刘伟伟、郑碧敏。